Este proyecto surgió en el año 2011 a partir de un mandato otorgado al Instituto de Políticas Públicas en Derechos Humanos del MERCOSUR (IPPDH) para brindar asistencia técnica al "Grupo Técnico de obtención de datos, información y relevamiento de archivos de las coordinaciones represivas del Cono Sur y en particular de la Operación Cóndor", que funcionó en la órbita de la Comisión Permanente de Memoria, Verdad y Justicia de la Reunión de Altas Autoridades sobre Derechos Humanos del MERCOSUR (RAADH), para relevar información que permitiera "promover nuevas líneas de investigación que contribuyan al esclarecimiento de los hechos, en particular del destino sufrido por las víctimas".

La guía de fondos y archivos relacionados al Plan Cóndor "Acervo Documental Cóndor", que cuenta con el registro de fondos documentales de Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Paraguay y Uruguay fue desarrollada con la aplicación ATOM (Access to Memory) entre 2012 y 2014, por el IPPDH. Fue presentada en una primera etapa en 2013 en el marco de la XXIII RAADH en Montevideo, que abordó el relevamiento y descripción de archivos y fondos documentales públicos y privados de los países de Argentina, Brasil, Uruguay y Paraguay.

La segunda etapa, se presentó en noviembre de 2014, en el marco de la XXV RAADH que tuvo lugar en Buenos Aires. En esta fase se relevaron archivos de Chile y Bolivia, y se incorporaron a la plataforma el relevamiento y descripción de las entidades o personas productoras de los documentos y el relevamiento y descripción de los procesos judiciales vinculados a las coordinaciones represivas que se están llevando adelante en la región. La guía quedó con un total de 219 registros de fondos documentales, así como con un apartado de procesos judiciales, normativa de acceso, bibliografía, películas, artículos y estudios académicos sobre el tema.

El equipo de trabajo que llevó a cabo este proyecto lo conformaron los investigadores Jorge Enríquez Vivar (Universidad Federal de Rio Grande do Sul, Brasil) y Graciela Karababikian (Universidad de Buenos Aires, Argentina), que contaron con la asistencia de Raquel Fonseca. Desde el Instituto de Políticas Públicas en Derechos Humanos del MERCOSUR, Laura Toker (Responsable de proyectos) llevó adelante la coordinación del proyecto y contó con el apoyo de Paula Rodriguez Patrinós (Directora Proyecto IPPDH-FOCEM). En tanto, en el diseño e implementación del sitio web trabajaron Dhion Carlos Hedlund, Bruno Olub, y Pablo Gil. Se destaca de manera especial el apoyo brindado por la Universidad Federal de Rio Grande do Sul, de Brasil.

En 2018 y 2019, a partir de un nuevo mandato de la RAADH, el IPPDH inició un proyecto para el fortalecimiento, ampliación y actualización de la guía, que en articulación con los Estados actualizó información e incorporó nuevos registros pasando a un total de 285 fondos documentales. En esta etapa, no fue actualizado el relevamiento de procesos judiciales. El proyecto de fortalecimiento, actualización y ampliación estuvo a cargo de Javier Palummo, Director de Investigación del IPPDH, y Cecilia Batemarco, investigadora del IPPDH. Participaron también en el marco del Programa Visitante Voluntario en la recopilación de información Cecilia Introna y Alberto Sabino, y en la traducción de notas y otros materiales para el relevamiento de información, María Salomón.

En 2023, el Grupo de Trabajo de Buenas Prácticas Archivísticas de la Comisión Permanente de Memoria, Verdad y Justicia de la RAADH otorgó un nuevo mandato para el fortalecimiento de la plataforma y el IPPDH presentó un proyecto para realizarlo de manera articulada con los puntos focales de los Estados, que permitió dar inicio a una instancia colaborativa para la actualización y ampliación de la información.

En 2025, con la colaboración de la Secretaría de Derechos Humanos del Pasado Reciente del Uruguay, especialmente el trabajo de Florencia Dudok y Liliana Gargiulo, se avanzó en la revisión técnica de registros existentes, la optimización de criterios descriptivos y la carga de la información actualizada.

A 50 años del Cóndor, el IPPDH reafirma su compromiso con la memoria, la verdad y la justicia y las garantías de no repetición, reforzando la difusión, usabilidad y accesibilidad a la guía, como herramienta de consulta pública. Este trabajo de rediseño fue realizado por Sergio Dobkevicius para el Instituto.